非淋菌性尿道炎的临床表现主要表现为两个方面：一个是尿道的刺痒、灼热、尿频以及排尿的疼痛，尿道口的轻度红肿，尿道的粘液性或脓性分沁物多需用手挤压尿道才见分泌物溢出。常见的晨起尿道口粘液性分泌物，即痂膜封口，我们在临床上叫“糊口现象”，或见污秽的裤裆。
另一个方面就是非淋菌性尿道炎合并症的出现。（男性的附睾炎、前列腺炎、Reiter综合症、关节炎、结膜炎、尿道炎等）。
女性非淋菌性泌尿生殖道炎症多以宫颈为中心扩散到其它部位，主要表现为：
1、粘液脓性宫颈炎，表现为白带增多，子宫颈水肿糜烂，但临床症状不明显，部分患者有性生活后伴有阴道的异常出血。
2、尿道炎症状、尿道灼热、尿频症状、尿道分泌物、尿道口红。
3、合并盆腔炎：
输卵管炎（急性输卵管炎表现为下腹疼痛、不适、明显压痛或有膀胱的刺激症状，伴有发烧、头痛等全身症状，大约25%的患者可扪及增粗的输卵管或炎性肿块，慢性输卵管炎表现为长期下腹隐痛。）
子宫内膜炎
宫外孕
男女不孕不育：
